mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGATTGTTGCTCAGAAAGC TATATAATAGCTCCCAATGTTTTTGATTGTTGCTCAGAAAGCCGTGCCATTTCACATTTTTGGCTGACGTCAAAAAATCACAACTGGCTTTCGAGAAATAA 4 93 3' arm Daphnia_pulex mirbase mir-315 0.0000004 aae-mir-315 0.00000002 -21.3 ....(((.(((.......))).)))..((((.(((.((((((((((......))).((((((((....)))))))).........)))))))))).)))). (-21.30)