mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAACACAGCTGGTGGTATCTCAGT GGGGAACCACCCTGCGTTCGCC AAATTTCCACACCGGGACGGGGAACCACCCTGCGTTCGCCTGTTGTTGGAATTTTCCAGGTGAACACAGCTGGTGGTATCTCAGTCCTTGTGATATTGGAA 2 3 3' arm Daphnia_pulex mirbase mir-317 0.0000004 ame-mir-317 0.00000002 -47.5 ....((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((..(........)..))))))))).)))..)))))).)))).))))).)))....))))) (-47.50)