mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAAGCGTATGGCTTTTCCCCTG AGGGAAAGGTTGTAGCTCTTATG AAGTGTGCAAAGCAAGGGAAAGGTTGTAGCTCTTATGTCTCATTTTGATTAGCATAAGCGTATGGCTTTTCCCCTGCAGTGTCACTTGATG 4 1 3' arm Daphnia_pulex mirbase 100 smr-mir-965 0.000004 -36.1 (((((.(((..(((.(((((((((..((.(.(((((((.((.....))...))))))).)))..))))))))).)))..)))))))).... (-36.10)