mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGAGCCGTGCCAATATCACG ACGGGATATTGGTCCGGTTCAATA TGTTCAACGGGATATTGGTCCGGTTCAATAAGAAAGCAATGCTCAAAATGTTTTTGGGTCCTGTTTTTTCATTGAGCCGTGCCAATATCACGAACCA ATTAGTACTCTCCCCTACCCCCAAGTGAAAAACATATAGGGCCCCTTCTGAATTTTTTTATCAATTGAGGTTTGAAATTTTTTTTTGTTTTTTTTTATAATTATTTTGATGCTTTTTTTGTGGTTGTTTTTGCAGCAGATGTGTGTAGAGAAAGTTTATAAGGCAAGCATGGTGGCAATGAGGGGTAGAGGTTATTTGTTCAACGGGATATTGGTCCGGTTCAATAAGAAAGCAATGCTCAAAATGTTTTTGGGTCCTGTTTTTTCATTGAGCCGTGCCAATATCACGAACCACTGCTCTTCATACCCCTGAAATCTTCTCATCATAGATGCTTCTTCTGTAATATATATGTTTTATGGGTACTTCGTCGGTGTAAATCAAACCTTTGTCTTATAATAATAAATATCAAATTGTTTTGGCT 3 0 3' arm Glycine_max mirnest MIR171_1 7e-24 gma-MIR171a 1e-49 -38.9 .((((.....(((((((((.(((((((((.((((((((..((((((((...))))))))..)))))))).))))))))).)))))))))..)))).. (-38.9)