mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGTGGCGTAGATCCCCACAAC TGCGGGTATCTTTGCCTCTGA CCTACTGTTCTGTGTCGGGCCAGCAAAACTGTTGCGGGTATCTTTGCCTCTGAAGGAAAGTTGTGCCTATTATTATGGCTTATTGCTTTAGTGGCGTAGATCCCCACAACAGTTATGCTTGCACTGCCTTTTGTCTCCG GGGGGCAACACTAGGGTTTGCATTCCTCCTTTAGCCGCAACCCATATTCTAAGCTTCCTTTCTCCTACTGTTCTGTGTCGGGCCAGCAAAACTGTTGCGGGTATCTTTGCCTCTGAAGGAAAGTTGTGCCTATTATTATGGCTTATTGCTTTAGTGGCGTAGATCCCCACAACAGTTATGCTTGCACTGCCTTTTGTCTCCGAGACTAACAAATTTGATTGTATGTTCTCTTGTTGCTAAACTTTTGATTTTGACCCGAACTGCATGAGGCATGAAAGTTTCATAGTGGTTCAACCACAGTAAAATAGGATGGTCAGTTTATTTCTGGGTTTTATAAGAATTTTTAGATCTGTCTTGATTACTGGACCATTGGATGAACACCCTGTTGGTGTTGAAAAAGTAGCTTCAGCCTTCTGGATGTGGTTATGAGCTTTCGATGCTAGTGGATCTTATATATCACTTTTTGATTTATAAAAGATAAGTTGAAGATATTGTGGATGAGGATTTTTCTGAAAATAAATGAAGATATGTGAAGGTTTCATGTATGGAGGTATCGGTTTTCTTGACC 4 0 3' arm Glycine_max mirnest 100 gma-MIR4412 1e-44 -44.8 ..(((......))).(((((.((((.((((((((.(((.((((.((((.((((((...(((...(((.........)))..))).)))))).)))).)))).))).)))))))).)))).)).)))............. (-44.8)