mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCGTATGAGGAGCCAAGCATA TGCCTGGCTCCCTGTATGCCA TGCATACATATGTGTATGTGCCTGGCTCCCTGTATGCCATTTGTAGAGCTCATCGAAGCATCAATGACCTTTGTGGATGGCGTATGAGGAGCCAAGCATATTTCATATACATACA ATCATGCATACATATGTGTATGTGCCTGGCTCCCTGTATGCCATTTGTAGAGCTCATCGAAGCATCAATGACCTTTGTGGATGGCGTATGAGGAGCCAAGCATATTTCATATACATACATGGAGATTATGATGATCAAATTTTAATTTTATGTGGGTAAATTAAAGAGTATGTATATATGAATATTATTAGTCTTTGATATTTTTTTTAATTTCTTCGGTTTGTTATAGTATTAATCATGAATTGTACCAACTATTGGAGGATATATATATATATATATTTATATAGGCCAACTATTCAACAAAGCACGGCATTGTCATTTTCAAAGGCATAGGTTTTGCTTCCTCGTGACTGAACAAAGGTACATCTGTTTTTATTTTTATCTTCCTTTTTTCATTATTGCAAAAGTCTTGAAGGAAGACATTTTTTTTCTAGGGTTCTTTCGAGTGATGCATATATATGTGATCTGCAGAGTGTTAACTGGGGGAACATATTCCTTCATTTACCTGCTGGGGGCTCACATGTGGGTGTGGTTTTTTTTTTCTGTTTTGTTTANTAGTTTCAAATCATTTC 2 0 3' arm Glycine_max mirnest mir-160 2e-30 gma-MIR160 7e-61 -46.2 ........((((((.((((((.(((((((.((((((((((((((((((.((((.((....)).)))).)))))))))))))))))).))))))).))))))..))))))...... (-46.2)