mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTACTGGTCATCGTCTTAACTT ATTAAGACGATGACCAGATAACC ATTAAGACGATGACCAGATAACCGTCTAAAGCAGGTTTGGTCCCATGTTACTGGTCATCGTCTTAACTT 3 1 3' arm Acyrthosiphon_pisum mirbase 100 api-mir-3035-1 1e-33 -29.9 .((((((((((((((((.((((.(.(((((.....))))).)....))))))))))))))))))))... (-29.90)