mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGCAAGATGTTGGCATAGCTGA AGCTATTCAACTTCTTGTCTAT CGAGATTTTGGGAGATTGAAGGTCGTGTTTGCAGAGTGAAATTGGCAACTTGGCAAGATGTTGGCATAGCTGAAAGTTTTGAGTTTAGCTATTCAACTTCTTGTCTATTTTTCCAATTTATTGACAACGAAGAGGCGTTTTTCCGTGAT 2 1 5' arm Aedes_aegypti mirbase mir-31 7e-25 cqu-mir-31 5e-44 -40.92 ....(((.(((((((.((....((((.....(((....(((((((......(((((((.(((((.(((((((((.........)))))))))))))).))))))).......))))))).)))...)))).....)).))))))).))) (-40.92)