mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GATCTCGGACCAGGCTTCATT TGAAGTTTGATCCAAGATCCT TGGAGTTGTTTGGAATGAAGTTTGATCCAAGATCCTTTTTGCATGTGTGTTTTTTAGGGATCTCGGACCAGGCTTCATTCTTGACAATTGT CGGGGGGTCAGACCTCACTTATTTGGTTGGGACTCATGTGATGAAAAAAATTCCCTAGCAAAAGGGTACCCCTGGAAAACTCGGAGAGAAACAAAGAGATTCCAGACCAAAACTTGTACGTACTGCATCAAGAGTTGTACAGAAAGAGGAGTCCCATGCACACACACTCTCTCTTTTTCTTTCTTTGTTTCCAAAAATGTCAGATAGATGCTAACCACTCTCGATTGTCTGTCTTCTGATAAAGTATTTGGTGTGGAAGAAGACAAGCCCCTTGCTTCCAAAATCAACCAGCTTTCCATTTCTTTATGGCTGTCAATTCATGTGCTAACCTTCACTTTAAATCTTCTTCTTCACTTTATATATATCATTACACCATGATATTCATAGCATCAAAGCTTCAGTGCTTGAAGAATACTCTTTGTGGTTCTTGATTCTTGAATCATGATAGAAAGAAAGAAAGAAATGGAGTTGTTTGGAATGAAGTTTGATCCAAGATCCTTTTTGCATGTGTGTTTTTTAGGGATCTCGGACCAGGCTTCATTCTTGACAATTGTCTTTTCGGTTTGTGGTTAAAGTTCAATGAGTGAATCGAAACGGTTTGTTTCGTAATCTTTTTTATAAGGTTTTATGGAGTTTTGATTATGTTATTTGGTTAATTTGTTTTTTGTTTTGGTTTGTTTTGTGTTTCGCGAGATTTTTTTTTTTTTTTGTCTTGGAAATTGAATTCGGTTCATATTCTTTTGTGTTTTATATAAAAGAAAGAGAATTCGTGTTTCATGTGGGAGTAAACATGTTTTATTATCGTCTATTTCTTTGGATCCTTTTGTAGACGATAATTTTCAGGATTGATTA 2 0 3' arm Cichorium_intybus mirnest mir-166 0.000000001 ptc-MIR166o 0.00000000007 -38.5 ...(((((((.(((((((((((((.(((.((((((((...(((....))).....)))))))).))).))))))))))))).))))))).. (-38.5)