mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGGATATGACGCCGGAGAGGG TTTGATTGCGTTGTATCCCTG GTTGAGGGATATGACGCCGGAGAGGGTATTCGGGAAGATGGGTCATTTGCAGAGGCTGTTGGATCGGTTTTTGGCTTGTAGGCCTACTGGGTTGGCTAAGAATAGTAGGATGGTTTTGATTGCGTTGTATCCCTGT GTTGAGGGATATGACGCCGGAGAGGGTATTCGGGAAGATGGGTCATTTGCAGAGGCTGTTGGATCGGTTTTTGGCTTGTAGGCCTACTGGGTTGGCTAAGAATAGTAGGATGGTTTTGATTGCGTTGTATCCCTGT 5 0 5' arm Glycine_max mirnest 100 100 -38.6 ....(((((((((((((....((((.(((((.........(((((....((((((((..(((.(((.....))).)))..))))).)))...)))))..........))))).))))....))))))))))))).. (-38.6)