mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCACTGGGCATAGTTTGTCGCA CGTCAAACTCCGTTCAGTTGGT TTATGCGTCAAACTCCGTTCAGTTGGTGGAGTCATTTTCCAAGTCATCACTGGGCATAGTTTGTCGCATAA 5 0 3' arm Aedes_aegypti mirbase mir-3 0.0002 cqu-mir-309 0.00000001 -28.4 .((((((.((((((..(((((((((((((((.....)))))..)))..)))))))..)))))).)))))). (-28.40)