mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAACAATTGGGTTTGTTGACT TTAAAAAACCTAATGTTATT ATCCATTAGAATAACAATTGGGTTTGTTGACTGANATAGTTAAAAAACCTAATGTTATTACTTATCA GAAACTAAAGTACCCTAAGGCGCCGCACAAACATATTCACAAGAAGATGAGGAAAACACTCTTCGTCGCACCAACGTCAGTGCTTGTGTCACGTTTAAGTGTTTTCCATTTGCGTCCAGCCCCACCCATCTTCGAATTTAACACGATTTTTGGGTCCCGTGTGAAGATGAAGCGTGACCTTAATGCTATTACCCTTTTCAAGCACATGCATGTTAAGGGGATTGTTGGAATTGTTGAACCAGGTCTTGGTATTTTCAAGATCTTGGTCAGCTGTTCCTGCCACCTGGGTCATATGAAATTTGCCTTTTTTTATGTGACAAAGGTCTCTGTCTTAATGGTGAAAATTGCATGGTTGTTCGATAAAATTGTTGTGATAATGTACAACACAATTATCGATAGCTTATGCAAAAATAATGTTTGTTTATGAAATGGTTGGTAAGAAAATTTCTTTCCATATCATCACTTACAATTCTTTAATCCATTAGAATAACAATTGGGTTTGTTGACTGANATAGTTAAAAAACCTAATGTTATTACTTATCATTCTTAGATATTTTTTAATGG 1 1 5' arm Glycine_max mirnest 100 gma-MIR4409 2e-22 -18.7 .........(((((((.((((((((.(((((((...))))))).)))))))))))))))........ (-18.7)