mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGTGGGCATACTGTCAACT TGGCATTCTGTCCACCTCC GAAAGGGTTGCTAACAGAGTTTATTGGCATTCTGTCCACCTCCACTTCCTACTCTCTCTCTGAGCCACATGTTCGTGAAGTTGGAGGTGGGCATACTGTCAACTGAGTTCTGTTGTCTGCTCTTTGTAAATCCT GAAAGGGTTGCTAACAGAGTTTATTGGCATTCTGTCCACCTCCACTTCCTACTCTCTCTCTGAGCCACATGTTCGTGAAGTTGGAGGTGGGCATACTGTCAACTGAGTTCTGTTGTCTGCTCTTTGTAAATCCTTCATGATATTTATTCATCTCTCAACAATTAAAAGGCAATCATGAATCTTCAAGACAACAGCACACGTTAATCAAACAACTTTTTCACAAGACTTTTATAAGCTTTGGAAAGGGCATGCAACGATGAGTGCATGTTTTTTGGATCATTATGTTAAAATAAGGCTCCCTTTTAATTTGTTTCAGCCTACATGTCTTAGTCTTAGATATATATACAGTGCTTTTAATTTCAA 4 0 3' arm Glycine_max mirnest MIR394 0.0000000001 gma-MIR394b 3e-54 -43.6 .(((((((...((((((((((((((((((...((((((((((((((((..((.(((.....)))......))....)))).))))))))))))...)))))).))))))))))))...)))))))......... (-43.6)