mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGATGTGACGTAGTGGTAC GCCGCTACCTCGCTTTCACTTG TTCATCATACGGTCATGGGGGACCGCCGCTACCTCGCTTTCACTTGGTACCGATTTCCCATAATCCATGTGATGTGACGTAGTGGTACCTTCCCTTGGCTATTACAACACTTCCT 5 1 3' arm Aedes_aegypti mirbase 100 cqu-mir-989 3e-20 -37.23 ..........(((((.((((((..((((((((.((((..((((.(((.................))).)))).)))).))))))))...)))))))))))............... (-37.23)