mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACTAGATTACATGCTCGTC CGTGCATGAATCTGGTGCACG AACTCAATTTTCGTCGGCGTGCATGAATCTGGTGCACGGTTTTCCAGTTGTAATATCGCTTCGTGACTAGATTACATGCTCGTCTATGAAGTTGAGAT 1 2 3' arm Aedes_aegypti mirbase mir-996 1e-49 cqu-mir-996 2e-36 -38.7 ..((((((((.(((.((((.(((((((((((((.(((((.....................))))))))))))).))))).)))).))))))))))).. (-38.70)