mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGCACTGCCTCTTCCCTAGCC TTGGATGGGGTGGTTGGTG AAAAAAAAAACAGCACTGCCTCTTCCCTAGCCCATGAAACCAAACATAATTGCTGACACAAAGAAAGACCCCACCAAAAGGCCAATGCCACTGGAAACAGTTACAGTTCCACTAGGCTTTGGTGGTGAAGTGGTGTTGGTGGATCCTGACTCAAAGGGAGGAAAAGGAAAAGGGTTGGATGGGGTGGTTGGTGGGGTGCCA ATACATATCAAGATTAGATATACATCTGGATTAAATGATGAAATTCACACAAACTCTCAGCAAAACAATAACATATTAATAAAAAGGAGAATAAAAAAAAAACAGCACTGCCTCTTCCCTAGCCCATGAAACCAAACATAATTGCTGACACAAAGAAAGACCCCACCAAAAGGCCAATGCCACTGGAAACAGTTACAGTTCCACTAGGCTTTGGTGGTGAAGTGGTGTTGGTGGATCCTGACTCAAAGGGAGGAAAAGGAAAAGGGTTGGATGGGGTGGTTGGTGGGGTGCCACTTGGGGTTGTTGGGGGGGTCCCATTAGCAGCAGCCACATTAATTTGCAGCTTCATGCCTCCAGCACAGTGGCCTGAAATGGGGCACAAGAAGTACCTTTGGCCTGGTGAAGTCAATTCAATCTTGGAGTTTCCATCTTGGAAGTCCTTGATGCTGTTGCTTGAGCTGCAGCTGTTGTATCCAGTCTCATCAAGCTCATCAACTTGATGAGTGGAGTCATACTTGAACACCAAAGTGTCACA 4 2 5' arm Glycine_max mirnest 100 100 -52.6 ..............((((((((.(((..((((((((........)))..((((((((((...........(((((((..((((..((..((((....))))..)).........))))))))))).......)))))))))).((((..(((.....)))....))))...)))))))).))))))))((((.....)))) (-52.6)