mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATCACAGCCAGCTTTGATGAGC CATCAAAGTTGGTTTGTCATAGA AAATATCCCCGGACAAGGACATGCTTTTACCATCAAAGTTGGTTTGTCATAGAGATCGACTATCACAGCCAGCTTTGATGAGCAAAATTGTGTCCGTCTA 2 2 3' arm Apis_mellifera mirbase mir-2 5e-28 ngi-mir-2 6e-27 -36.7 ..........((((..((((((..((((.(((((((((((((((.((.((((.......)))).)))))))))))))))).).))))..)))))))))). (-36.70)