mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAAAGCTAGTTCAGCAAGGCA CTTTGGTGAGCTAACTGTATG GCTGTTTCACACATTTCTACCAAATCGTCCCGTTTATTTTTCTTTGGTGAGCTAACTGTATGGTGAATTGAAAGGCCATAAAGCTAGTTCAGCAAGGCAAGATATTCGAGACATAGCTTCATGAAATGTGACTGAAATT 4 0 3' arm Apis_mellifera mirbase mir-9 1e-26 100 -44.81 ...((((((((((((((.........(((.((..((((((.(((((.(((((((.((.((((((..........)))))).)).))))))).))))).))))))..)).)))..........))))))))..)))))). (-44.81)