mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AACAAGACATGATGACGTGAC CATGTCATCACTCTCGATCA CATTTCGCATTTTGATAAGTGATAAGATAACAGATGAAATGTCATGTCATCACTCTCGATCACTAACATATTGTTGTCATGTCATTGAAAGTAATGACGTGATAATAAGATGTCCGTAACAAGACATGATGACGTGACACTTCATCAGTTACGTTATCACTTAATGAAAGATAATTA TTACATATGTACATTGATCATAGACGGCAAAACATCAATTATATATGATTTAAATAAGTTTTTCATACCTGAAAATTAGGTCATTTTAAGATTAATATCTAAAAATTCATTTTTTGTCAAATATCTATCAAGGAATTTTTTTTGTTTCATTTCGCATTTTGATAAGTGATAAGATAACAGATGAAATGTCATGTCATCACTCTCGATCACTAACATATTGTTGTCATGTCATTGAAAGTAATGACGTGATAATAAGATGTCCGTAACAAGACATGATGACGTGACACTTCATCAGTTACGTTATCACTTAATGAAAGATAATTAATAACAAATAGTAAAATAAAACTGAAGATTTTTTTAGATACTTAATTGAAAAAAATAAATATTAGATAATAATCTAAAAACGATCTATATTTTAAATATGAAAAACTTAATTAAACCCAAAAGAAAAATATATACAGGGATGTGCAGTCACACAATACATACAGAGAAAGTAATTTTTACTTCGGCATGAATCATTATATCTTCACAATCTTGTCAATTACTGGTTCAACGAAGGCTTCTAAATCATCCAGGTCATTCTTGAGTTCTTCAACCTTGTGTATGAATTCTTCAGTTAACTGAGCATCATGTGCTGCCTCTTTTGATGCACGTTCTACAACCAAAGCTGCTTTTCTT 5 1 3' arm Glycine_max mirnest 100 gma-MIR4387a 0.000002 -62.6 .........(((((.((((((((((..((((.((((((.(((((((((((((.(((.....((..((((.(((((((((((((((((....))))))))))))))))).))))..))....)))..))))))))))))).)))))).))))..)))))))))).)))))........ (-62.6)