mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAATGTGTTGTGTTTGTCGG GATTACATTTTTGTTAAGC TTATCTGTGTTTTAATGTGTTGTGTTTGTCGGAACCCCTGATTACATTTTTGTTAAGCGCAGCGAG CGGACAAAGTTTGAAGTCTCCACCATCATCTCGCAACTGTTGTTCCCAGAACTGGGTTCTTGATCGACGGTGGCAAAATTGCTTTTATTTATCTGTGTTTTAATGTGTTGTGTTTGTCGGAACCCCTGATTACATTTTTGTTAAGCGCAGCGAGTTTCAGGACTTTGCTGCGTTGTGTTGCTTTGGTTTATTAAATGTCAACTTTCTATTTGTAGTGTGC 4 2 5' arm Glycine_max mirnest 100 gma-MIR2108a 4e-27 -15.2 ....((((((((.((((....((((..(((((.....))))).))))...)))))))))))).... (-15.2)