mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGTCCCCTTCAACCAGCTGT AGCTGGTTGACTTCGGGTCAAAT AAAGCGAGAGCGTTGTTCGCTTTAGCTGGTTGACTTCGGGTCAAATTGTCATTTTCATATCATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAGTTAACATCTGCTTT 6 1 3' arm Bombyx_mori mirbase mir-133 4e-44 ame-mir-133 0.0000000003 -35.8 ......((((((.((((.(((.(((((((((((....((..(((((.((.........)).)))))..))...))))))))))).))).))))..)))))) (-35.80)