mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTTTGGGATGGGTGACCGAA CGGAAGCCTGTCTTAAAAGAA TTTTTTTTTCGGAAGCCTGTCTTAAAAGAACCTCCAGGTTAAGCGTGCTTGGCTTAGAGAAATTTTGGGATGGGTGACCGAATAGGAATTTTTCTTGGGGT TTTTTTTTTCGGAAGCCTGTCTTAAAAGAACCTCCAGGTTAAGCGTGCTTGGCTTAGAGAAATTTTGGGATGGGTGACCGAATAGGAATTTTTCTTGGGGTGCGCACGAGTGAGGACAAAGTGCGC 3 0 3' arm Zea_mays mirnest 5S_rRNA 0.0000000004 100 -31.1 .......(((((..(((((((((((((....(((.((((((((....)))))))).)))...)))))))))))))..)))))((((((...)))))).... (-31.1)