mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCACTGGGTGCATGATGATTGT AGTCATCACACTCTCAGTTGATA GTTGATATGTGGAAAATTCTATCACTGGGTGCATGATGATTGTGGTAGAGAGATCATCTCATCACGCCGCCATCACATGTAACATCTCTTCTATTTCTCTCTAATACAGTCATCACACTCTCAGTTGATATGTGTAACATTATATCAC 3 1 5' arm Bombyx_mori mirbase 100 bmo-mir-2733a-2 1e-32 -41.91 ..(((((((((....((..((((((((((.(..(((((((((((.((((((((...............((........))...............)))))))).)))))))))))..).))))).))))).))....)).))))))). (-41.91)