mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATACTCCCTCCATCCTAGAAT TCTAGGACGGAGGAGTATGT ATATTTGATGGATACTCCCTCCATCCTAGAATATAAGGACTTCAAATTTTTGGACAAATTAAGCAGCAATGAAGAAGTCTATGTGCCCCCTTCTTAAATAGCCAGGCCAACTCCTGTTGGTTTAATTTCTGGCCATCTTGGGTTAATCCATGGCACAAAATGGCTGATTTTAAGAAGATTGCACAGATGAGTTCTCAGAAGTCCTTATGTTCTAGGACGGAGGAGTATGTTTTAGTCT ACTGGACGCCTGCAGTCCGGTCCGGAATTCCTTTCAAAACCACGCGTCCGATTACATCCTTTTCATACTGAACCGATATTTGGGGAGGCTGTTTTATGTAGTCCTGTGTCGACTAGGTACACCAAACATGTCAACGTACTCTGAAAACTGAATTGGATCAGCACAGCAGTTAAACTAAGGGGCCTTTGAGAAGAGGTTTATTTGGACCAATTATGTTTTTGGAATAAAATATTTGATGGATACTCCCTCCATCCTAGAATATAAGGACTTCAAATTTTTGGACAAATTAAGCAGCAATGAAGAAGTCTATGTGCCCCCTTCTTAAATAGCCAGGCCAACTCCTGTTGGTTTAATTTCTGGCCATCTTGGGTTAATCCATGGCACAAAATGGCTGATTTTAAGAAGATTGCACAGATGAGTTCTCAGAAGTCCTTATGTTCTAGGACGGAGGAGTATGTTTTAGTCTAGGGATAGTTTAGTGGGTGAGATGAGTGATGGACTGATATCTTTCCTTTGGTCATTTGCAGCTGAAATTTACCTTATTTTTGTTACTTGGTATCTACTGGTTTCTATTTCCATTTGGCTACTGTGTTGCAGGTTGGAAACACAGTGGAGATGAAAGTAGGGGCAGCTTCTTCCAGAAATGATGGGAGAGCTGGCCAGTTGAAATATGCAAACAGCAGGGAGACTATCGCCAGCAAATACACTTCTATTAGGGAACAGAACCGGCAGTCAGGGAAGGCAGTGAAAAAGGAATTTCATCAAACTCTGTATCTTTGCTTGAAGAAAGAAGTTCTGAGCAGTGGTCCAATACTGGTATACCACCAACTGGTGTGTCTGCAACATGGGCCTCGATGAAGATAGGGTTTCAAAATTTCAAAGCCATTTGGGNTCGAAGAAGT 1 1 5' arm Zea_mays mirnest MIR1122 0.00006 100 -80.3 ...........(((((((.(((.((((((((((((((((((((.(((((......)))))...((....)).((((.((..(((((...((((((((((((((.(((((((....)))))))..((((...((((...((((....))))))))...)))))))))..)))))))))...)))))...)).))))..)))))))))))))))))))).)))))))))).......... (-80.3)