mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGCATTGTAATACACTGTTA GTAGTGTATTACAATACAAAGT TTCGGGTGTGTCATTACAGTAGTGTATTACAATACAAAGTATGAACTTTGCATTGTAATACACTGTTATATTACTTGA 4 0 3' arm Bombyx_mori mirbase 100 bmo-mir-2804-3 1e-36 -26.6 .(((((((((....)))..((((((((((((((.((((((....)))))).)))))))))))))).......)))))) (-26.60)