mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTTGGATTGATCTCGTTGTT CGTTGAGACCTCCAGCAAA CCCTCGCATGTGATTTCCTTGGCGTTGAGACCTCCAGCAAACCTTCTCCCCTTGTTGTTGGATTGATCTCGTTGTTAAAGTCAACGGCCGCCGGT ACCCAGAGTCATCTCCGTCTATCCCGGAGAAAATCTCAGGTTGTTTTCAGGTCTGGGGCTTTCTAATTGCATCATATTCTCCAATTTTGAGCCCCCAATTTTTCCCGTGTTCTAATCTCAACCTTCGATTCAACCCCACCCTCCTCAATTCACTGATTCCTTCAATTTCAATGGGATCTCTTTCTTTGTAAGCTTTCTCTTTACATCACACCAGTTGATCACCGAAGAAGCAATTTTCCAAATCTTTTTGTTGTTAATCAAAATTGCGTTTATGGCGATCCGATTCACCGTTTCTTACTCCGGCTACGTGGCCCAAAACCTAGCCACCGCCACCGGAAAATCCAATACATGCCGTATTTTTCACGAGGTTTTCTCTCGTCCTCGTATATTCCAGAACCCCGACCGAGATCCCGTCCCCGGTTACCGTCCGGCAGCAACGGCGTCTTCAAGGTCTTCGGTTTCGGCGTATGCGACCCTCGCATGTGATTTCCTTGGCGTTGAGACCTCCAGCAAACCTTCTCCCCTTGTTGTTGGATTGATCTCGTTGTTAAAGTCAACGGCCGCCGGTGGTGGCACTGGTGGCGGTTCTAGTGTTCTTGGGATTTCGCCGTTGAAGGCGTCTTCCATGATTCCGTTTTTACAAGGATCAAAGTGGCTCCCTTGTAACGAGATTAACAGTACGGAGGTGGATAAAGGCGGTACTAGCACGATGAATAGCAATCAGACTACAAGTGATTGCGTGAAAACCCGCGATGTTGCAAGTACGAAAATAATCGTTGAGAGGAACAGTTGGCTTTCGAAACTATTAAATGTTTGCTCCGATGATGCCAAGGCCGCCTTCACCGCT 3 2 3' arm Cichorium_intybus mirnest 100 100 -21.9 .....((...((((((...(((((.(((((..((((((((..............))))))))....))))).)))))))))))...))....... (-21.9)