mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATACTCTCTCCGTTCCAAAAT TTTGGAATGGATGGAGTACTT TCTCTTGTACTATACTCTCTCCGTTCCAAAATATAGTTCTTTTTAGCCCACATTTTTTCTATTCACATTCATTCAGATGATAATGAATATATAAATATGTATGATTAATCGAAAATGAATTATATTTTGGAATGGATGGAGTACTTTTTTAACA AAAGCCAGGTTCTCGGTCCGGNATTCCCGGCTCGACCCAGCGTCCGAAGAACCATATTCTTTGCATTCTGGTAACAGTTGATCCATTTTCCTTACCTGTTGCTCTGTGGTGCGGGACCTGATTTTTATTCCGTTTGATGATCTGAACAAGCATGCAATTACATATCTGAATTTGTTCCTTACAGCATCCTCCAAGGCAAGAGGTGAGTTATCCGATCTCTTGTACTATACTCTCTCCGTTCCAAAATATAGTTCTTTTTAGCCCACATTTTTTCTATTCACATTCATTCAGATGATAATGAATATATAAATATGTATGATTAATCGAAAATGAATTATATTTTGGAATGGATGGAGTACTTTTTTAACATGATTGCAGGTGTGTGGCAGATAAAATCTCTTGCGGAAGATCTTATCTATCCTCGTTCATACCTGGCAGACCGGCAGCAAGTACTCCCCTATTTTCCTCAAAAGAGGCAGGGCGATGAGACGTCACTTTCAGACCATCACGCATGCTTGAGGTGAAAGGATCTGGTGTTAGGCGAGCTGTGATTCGTTCCTTGACGTGCCGTTCTTCGCACGCGCGCGCGTGCAGATGTGTCACGCCCATCAGTGTTGGATCGGATGGCATCTCGTCCTAAACAAGTGGCGACTGGCGAGCTAGTTGACGGCAGGTCAAGCACGGCATCCGATCCTTCGTCCCCTGATGGCTGATGCTGCGTCAGGCCGGCCGTAAAAGCGTGTGCGCGGCGACTGCATGCGTGGCACCGGTAGGTACGGGGCTGAAGACTTTCAGGACGCCGGCNCNNNTATTTTGGGATGGATACTGAGGAAAATATAAGTGATCTTCTATTCTTCTTAACCTTANCTTTATGCCTGAGGAAATCGTTTGCGTTGC 2 0 5' arm Zea_mays mirnest MIR1122 0.0001 osa-MIR1439 0.0005 -40.2 ............((((((.((((((((((((((((((((.((((.....((((.(((..((((((...((((....))))...))))))...))).))))...........)))).)))))))))))))))))))).))))))........... (-40.2)