mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAAAAAATCAACGGTGTCATA TAACACTATTGATTTTTTTTG CGAAGTGAGTACTACCTCCGTTCATAAATATATAACACTATTGATTTTTTTTGAAAACTTTGACCACTCGTTTTATTCAAAATATTTATTCTAAAATGTAAAATTTTAAGTCAAGCACAAACTAAATCATATAAAAATAAATGATAACTCATTATTTTTTTAATAAAACGAGTGATTAAATTTTTTTTAAAAAAATCAACGGTGTCATATATTTACGAACGGGGAGCACTTACCATTG GACAATTGACACTATTACAGGATACAATACACTTGATAATCGTCCGAGGATCCAGGTCGTATTCATACTGAAGCATGACTGTGACTTTCGGGACATCCTCATGGTCTTTCCACAATAATTCAGTCCGAAGTGAGTACTACCTCCGTTCATAAATATATAACACTATTGATTTTTTTTGAAAACTTTGACCACTCGTTTTATTCAAAATATTTATTCTAAAATGTAAAATTTTAAGTCAAGCACAAACTAAATCATATAAAAATAAATGATAACTCATTATTTTTTTAATAAAACGAGTGATTAAATTTTTTTTAAAAAAATCAACGGTGTCATATATTTACGAACGGGGAGCACTTACCATTGGGGTCCATCGTTTCTTCTTCCTAATCACTTCCTCCAAAACCAACATATACTGATCTGTTAAAAGCTGTTGAACTGCTGAAGAGGCAGGTAACGATGCTGTTGAACTGTTGAAGTGAGCAGTAGGCTTTTTTTTCCTCTCAGGAAACGCTGTGGGTGCAGCAACTTTTCTAGCAGCCGAACAGCTATAGGCACATCCTATCTCACAAGCATAGAAGTTCAGTGGTCCAAAATTTTCGGGCCCATATATGTTGATCCAACAAGATAAAAATCTCGAGATGGCTCGCTCTCCTCCAGCCATTCATATCTG 2 0 3' arm Zea_mays mirnest MIR812 0.0000009 osa-MIR818e 0.0000008 -65.5 ....((((((.((.((.((((((.(((((((((.(((((.(((((((((((.(((((.(((((.(((((((((((((.((((.((..((..((((((.....))))))(((.........)))..(((((.((....)).))))).....)).)).)))).))))))))))))).))))).)))))..))))))))))).))))).))))))))).)))))))))).))))))..... (-65.5)