mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGTACTCCCTCCGTTTCTATT AAGGAACGGAGGGAGTACGTG TTTGGACAAGGGGTACTAGTTAGTACTCCCTCCGTTTCTATTTATTTGTCGCCCAATAGTTCAAATTTGTACTAACGGACGACATATATTAAGGAACGGAGGGAGTACGTGTTTGATAGTTTCCTAGAC GTGTTCCCTCGTTGTTGTCTTTCTGGTGTAAATGCCTGAATGCGGTACAGGTTCGTAGTGCTACTCCTTGGGGCCTAAGATTTGGACAAGGGGTACTAGTTAGTACTCCCTCCGTTTCTATTTATTTGTCGCCCAATAGTTCAAATTTGTACTAACGGACGACATATATTAAGGAACGGAGGGAGTACGTGTTTGATAGTTTCCTAGACTGAATGCATTTCTTGGTCATTGGTCACATTACCTCAGGCTCAGGGTGGTTGTAGCTTTGCTGTTTATGTGGCTTCAAGATAGTCTACGGTCATATAAAAAAAGGGCTTGCGAGTTTTATTACCAATGTGAGTTTTCGGTTCTAGACATGCGAATTGCACAAATTAAATCAACTGACTGCTCAGCAACTAAACCATTCGTGGTAGCAGCATTTTTTCTTCTCCTGATTCGAAAATCACTCATTAAATTTTGTGTATTTCTAGTTCTACAAAAACAAGGGAAAAGGTTTACTAACTTGAGGATCCTTTTCGTCTTTGCCACAAA 4 0 5' arm Zea_mays mirnest MIR1122 0.000002 100 -48.6 .........((((.((((....(((((((((((((((((...(((.(((((.((..((((.((....)).))))..)).))))).)))...)))))))))))))))))........)))).)))).... (-48.6)