mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGACTAAACTTTAGTCCCTT GGGACTAAAGTTTAGTCTCAT GGACTATATGTTTGGTTCCATAGGACTAAACTTTAGTCCCTTATAGTCTATTTTAGTCCCTAAATATGGGGACTAAAAGGAAATCAATCTGATTTCCTCTCCTCTTTTTAGTCCTATCTTTGGTAATTTTGAGACTAAAAAAGAGGGACTAAAGTTTAGTCTCATGGAACCAAACATGCCCTA GGTCCTTCTTCCTCTCCAGGCTGTTCAGTCTCCAGGTCTGGTCAGAACATGCCGGGCAGGGCGAACTCATCGAAAGCGTCCGCGTCCTACCCAGAAAGGTGTGTGACTTTTCTGTTGGATTTAATTGTTTTTTCCACAACAGATTTATAGTAATTGCTAATGTCTATTTGTCTGCGATGATGGCATAGGGGTTACTGCAATTTTTTAAAGCTTGCACAACTCAACTGAGGGACGCACAGGCATTATTGTGTAAGAGTGTGGTTAGTGGAGATAGGTGTTTTGGATGGAAAAAATATTTCTGTTACGGTTGTATAGTTGCTCCATTTCTTGGTGAAAGTTATGAAGACGGTGTTTGCTTGTTGAGAAATATGGAAATCAAGAAGATTTAGTGGTGGCTTTACAGCAGTAAACAAATAAAATTCGAATGGCAAAGCGGTCTAGGACTATATGTTTGGTTCCATAGGACTAAACTTTAGTCCCTTATAGTCTATTTTAGTCCCTAAATATGGGGACTAAAAGGAAATCAATCTGATTTCCTCTCCTCTTTTTAGTCCTATCTTTGGTAATTTTGAGACTAAAAAAGAGGGACTAAAGTTTAGTCTCATGGAACCAAACATGCCCTAAGTAGTTCGCTGACCATCAGTTGTTATGCTGGTTCAGAGGTATCTGAGCAAAAGTTCTGTTACA 1 0 5' arm Zea_mays mirnest 100 100 -75.8 ((....(((((((((((((((.((((((((((((((((((((........((((((((((((....))))))))))))((((((((...)))))))).......(((((((((.((.............)).))))))))).)))))))))))))))))))).))))))))))))))).)).. (-75.8)