mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATTTTTGCGTGCAATGATCC ATCATTCACGCAAAAATGATT ACGTCTGGGGAAGGTGCTGGTTGCTTCACAATTCCAACTCGTCGATTTGCATCATTTTTGCGTGCAATGATCCCGAATTTGCTCTCTTACTCAACTTTCTTTTTAATTTACCAATATTCATGTTTATTGGTTTGAAAAATAGGAAAAAAAAATTCTAATTTTTGTTAACGGGGATCTGGATCATTCACGCAAAAATGATTTGACTCGTGAGTTGGCCTTGTGAAGAGACCAGCGCTATCAATAGGAGG CAAGTCCCAATATCGCCTCTCACGTCTGGGGAAGGTGCTGGTTGCTTCACAATTCCAACTCGTCGATTTGCATCATTTTTGCGTGCAATGATCCCGAATTTGCTCTCTTACTCAACTTTCTTTTTAATTTACCAATATTCATGTTTATTGGTTTGAAAAATAGGAAAAAAAAATTCTAATTTTTGTTAACGGGGATCTGGATCATTCACGCAAAAATGATTTGACTCGTGAGTTGGCCTTGTGAAGAGACCAGCGCTATCAATAGGAGGGATTTGTTCCCTTCTTTATGGCTTTTAAGGGACTTGGAAAGGCAATAATATGGAAACAGTAAACTTGAGAGGGGTATAAAACAAAAAGAGAGTAAGATTGAGGGGGCCAAACAGTGATTTCTGCCTTGGAGTGAGGGGGAAAGCATTAATCATGCATAAATCTGTGTTCTTTCCCAAAGTCTTTTGGCTGCCACTAGATCTACTAGAGAAGAACAAGCCNCAACAAAATCTACCCCACACTCCAAACACCACCCACGCCACAGAGATAAACACAGACGACCAAAAAGAACAACGACCGACCCTGCAACAACCACAAGAAACACCGCGAGCCAAGAAGCCACCCAACCATCCCCCAGCCCCCGCAAACACACCCGCCCCCACCACACACCCGGACCCCCAGCAGACCCAACACAAACGCCGCAACCACCCACCCAACACACCCACAGCACAACAGCACACGCAACCGACCGCCCACCCACAAACACTGGGCAGCGCACACAGCACACACAAAGACGACACAAAGCCACCCATTCAGAGAGCACTGACACCACGACAACCAACCCAGCCAACAGACAAACACGCGGGAAAACACAACACCACCCGCCACCGCCGGCAGCCACC 0 1 5' arm Citrus_aurantium mirnest 100 csi-MIR1515 8e-78 -87.4 ...((((..((.((((((((((.((((((((..((((((((.(((.(((.((((((((((((((.((((((((.((.....((((.(((..((..((((((.((..((.(((((((........)))))))..))..)).))))))..(((((....))))))).))).)))).)).)))))))))))))))))))))).))).)))))))))))..)))))))).)))))))))).))..))))... (-87.4)