mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GACGTCGCCTTTGGGGCTTGAAGAA CGCGAGCTCCTTAATATTTGTAAGGTTAAGGACGTATTAA ACATTCGCGAGCTCCTTAATATTTGTAAGGTTAAGGACGTATTAATGATTTTATTGAAAGAAATAAAGATGTTGACGTCGCCTTTGGGGCTTGAAGAAC 2 17 3' arm Bombyx_mori mirbase 100 100 -25.1 ...(((.((((((((...........(((((....(((((..(((((.(((((((......))))))).))))))))))))))).))))))))..))). (-25.10)