mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTTCAAACATTCGATGTGATA TCACATCAAGCGTTTGACTTT TAATAGTATAATGAGGGGGTGTTTGGTTCTATGGACTAAAGTTTAGTCCGGGTCACATCAAGCGTTTGACTTTCAAATAGGAGTATGAAATATAGACCCAACCAACTGTACTAGATTCGTCTCACTTTTTAATCTTCGGCTGAGAAATTAGTTTTATAATCCGACTACATTTAATACCCCGAACGGAGGTTCAAACATTCGATGTGATAGGGGCTAAATTTTAGCAGGGGCAAATCAAACACCCCCTGACTAATGACC GCACGCACACCCTCTCCTCTCTCCCGTCCCCTCACGCAGTCACAGTCCATCTCGCCATCGCATTGCCTAGTTCAAAAGGCCTCCGAAATCGAACAGTCCCTGCCGGGTGCCGGCCTCGTACAAGCAAAAGACAGACAGTTCCCGCATCAACCGGCTAGCTAGCTAGCCCTTCAGGACCTCGCTGCATTCCCCATGGGAGGCGCCATGAGGCAGCTGCTTAGCTTTCTGGGAGCGATCAATGGCCGCCCCACCCCAGGGAGAAGACGAACGACGACGCTGCGGCGGCGCCTGGTGCGGGACGGTGGAGCTGAGGGTCAGGATGAACTGCGAGCGCGAGGTCAAGAATGCTTTCTCCGGCATGCATGAGAGGTTGGTCATCCGTCACTCTGGTCCCCTGGCCTGGCCTGGCCCCTACGCGTTCGCGTCAAGTTTTCGTTGCTCGCCAGCATTGCGCCCACGACCATCGCATGGTGGCATCACTCTTCTCGTCTGTGCCCTGATGATGAGCCTCTCTGCAGTCTGCACCCACTGAGTCAGTCAGTAATAGTATAATGAGGGGGTGTTTGGTTCTATGGACTAAAGTTTAGTCCGGGTCACATCAAGCGTTTGACTTTCAAATAGGAGTATGAAATATAGACCCAACCAACTGTACTAGATTCGTCTCACTTTTTAATCTTCGGCTGAGAAATTAGTTTTATAATCCGACTACATTTAATACCCCGAACGGAGGTTCAAACATTCGATGTGATAGGGGCTAAATTTTAGCAGGGGCAAATCAAACACCCCCTGACTAATGACCATCGTGTCTTTTCAGAACAAGCTTTTTTTTACTGCTGCAGTAGTGC 4 0 3' arm Zea_mays mirnest 100 100 -73.2 ...((((......(((((((((((((((((.((..((((((((((((((..((((((((.((.((((((.((((.....((.((((.((((.(((..............(((((.....(((((((...........)).)))))..)))))............))).)))).)))).)).....)))).)))))).)).))))))))..)))))))))))))))).)))...)))))))))))))).))))...... (-73.2)