mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGTTCAAGAAATCTGTGGAGA TCCACAGGCTTTCTTGAACATG GCCAGCTGAAGATTTGATGTTTTCATGCTTTCCACAGGCTTTCTTGAACATGGTATTCCGACGGGCCCTCTTCGAGTTAGCTATCAGAGATGCAATGTTGAGTAACAGGTTCAAGAAATCTGTGGAGAAACATGGAAACAATCATGACTCTGCGT CTCCGCTTCTCATTCTTTTAACCAGCTGAAGACTTGATGTTTTCATGCCTTCCGCAGGCTTTCTTGAACATGGTTCTCTTCTCATTCTTTTAGCCAGCTGAAGATTTGATGTTTTCATGCTTTCCACAGGCTTTCTTGAACATGGTATTCCGACGGGCCCTCTTCGAGTTAGCTATCAGAGATGCAATGTTGAGTAACAGGTTCAAGAAATCTGTGGAGAAACATGGAAACAATCATGACTCTGCGTTGCATATTTGAAGGTGAATACAATTTTTTCGAAATGCCGGCCAAAGAGGATTTTCTAGATGATGATCAGTAGGTATTTGAGAATGGTGAGACTTCCAAATTGTTTTAAAATTCAAATTGAATGGTTGTGGTCCTGTCCATGTGCTAAGATCAATGAGTATGTGTTAAGAGATCAAGGTTTTAAAAATCAGTGTGTGAAATGGTTGTGAAATGAAATGTTTTAAAATTCAGTGTGTGTTAAGATCAATGAGTTAAGGGTAATTTATTAAAGAGAATTGGTAGTTTGAACCAAATGAGAGACGCTGGTTTTCCATTGTTCAAAGGAAGGGGAGGGTAGTTTTATTTGTTTTTATTTATCTTGAATATGATTGGGAGACTGCTACCTTTTTTAGTGTATGTTTTCTACTAGATACATTTCCTTTTTGAGGATGGGATGTGAGGATATTATTGTTTTACCAAATGAGCGTGTAAGGCATGCCAATGTAGGAGCACACTATCCATT 1 1 3' arm Amborella_trichopoda mirnest MIR396 0.000002 zma-MIR396d 0.0000001 -51.1 ....((.((.....(((((((((((((.((((((((((.((((((((((.((.(((((.((((.((..((((.((........)).)))).))..))))))))).)).))))))))))))))))))))..))))))))).))))....)).)).. (-51.1)