mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGACCAAGTTTTTAGAAAAT TTTCTAGTAACTTGGTTAAAG GCATTGTCCTAAATCAGACTTCTCTAACTTTTTGACCAAGTTTTTAGAAAATTATATTAACATCTACTAGTTTAGATAAACAGACTATCGGGGCATTTTATGGAAAATTTAAGGAACCTAGATTTGATATTGTAGATGTTGGTGCATTTTTCTAGTAACTTGGTTAAAGGTAGATATATGTTTGACTATAACAAAAC TCCAAATTAGTTCACTTTAGCATTGTCCTAAATCAGACTTCTCTAACTTTTTGACCAAGTTTTTAGAAAATTATATTAACATCTACTAGTTTAGATAAACAGACTATCGGGGCATTTTATGGAAAATTTAAGGAACCTAGATTTGATATTGTAGATGTTGGTGCATTTTTCTAGTAACTTGGTTAAAGGTAGATATATGTTTGACTATAACAAAACTTGAGTGAAATATAATATGGCACGGCGGAGGTAAGAAACTAATCATGATAATTTGCTAAATAGGAGGTATCCGTCAACTTTTGAATTATGAAATGATCTTCGAAACAACTGAGACAACACATCTTTATGCATTTTGCACTTCCATGCTGTGGTAGCTGCTGGGCCCATGTCTATGGAAGTACAAATCATTTCCCTTGGCATTTTAACTGATGCAGTGGTTAATCAATTCGAATACCATTTTACTTCTAATAACTAAAGTGCAGTTAGTGAGATTATGTTATTTT 2 0 5' arm Zea_mays mirnest 100 sbi-MIR437m 3e-46 -47.8 ...((((......((((((...((((...(((((((((((((.((((((((...(((((((((((((..((((.((((.......)))).)))).....(((..(((((((.......)))))))..))).)))))))))))))...)))))))).))))))))))))).)))).....)))))).....))))... (-47.8)