mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGTCCCCTTCAACCAGCTGT TAGCTGGTTGACTTCGGGTCAAAT CTTCACCGAACAGTAGCTGGTTGACTTCGGGTCAAATCGACAAATATTTGCAAAGATATTTCCTTTGAGAAATCATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTGGACGGTTGATTGATT 5 2 3' arm Culex_quinquefasciatus mirbase mir-133 1e-53 aae-mir-133 2e-33 -38.7 ..((((((..((.(((((((((((....((..((((.....((((((((....))))))))....(((....)))))))..))...)))))))))))))..))).)))...... (-38.70)