mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACTAGATCCACACTCATTAA GATGGGTGTGAATCTAGTGGTT TTGTCGATGGGTGTGAATCTAGTGGTTCACATGAGCTTTGCCAAACTGTGACTAGATCCACACTCATTAACAA 5 0 3' arm Culex_quinquefasciatus mirbase mir-279 8e-35 aae-mir-279 6e-17 -28.41 .(((..(((((((((.((((((((((((....))))).............))))))).)))))))))..))). (-28.41)