mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGTTTGAATCTTTGATTTGAG TAAGTCAAACAGTTGGAACTAT AAATAAGTCAAACAGTTGGAACTATATTCACATTTAGAATTCTATTAAATTTTTGCAAGACTAAAAAATTCAAAACCAGGACTTGAATTTAGTTTGAATCTTTGATTTGAG TAATAAATAAATAAATAAATAAGTCAAACAGTTGGAACTATATTCACATTTAGAATTCTATTAAATTTTTGCAAGACTAAAAAATTCAAAACCAGGACTTGAATTTAGTTTGAATCTTTGATTTGAGG 4 1 3' arm Zea_mays mirnest 100 100 -16.2 ...(((((((((..(((.((((((.(((((..(((((...(((..(((....)))..))))))))..(.((........)).)))))).)))))).))).))))))))).. (-16.2)