mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACTAGATTACATGCTCGT GTGCATGTATCTGGTGCACG AACTCAATTTTCGTCGGCGTGCATGTATCTGGTGCACGGTTTTCAGTTGCAATATAGCTTCGTGACTAGATTACATGCTCGTCTATGAAGTTG 1 2 3' arm Culex_quinquefasciatus mirbase mir-996 1e-46 aae-mir-996 2e-36 -34.8 ....((((((.(((.((((.(((((((((((((.(((((.....(((((.....)))))))))))))))).))))))).)))).))))))))) (-34.80)