mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTTAACTGTAAGACTGTGTCT ACGCGGTCTGGCAGGAAATAAT CCGGTCACCCGCAGGGACGCGGTCTGGCAGGAAATAATTTGGCATTAGATTCAAATGTTAACTGTAAGACTGTGTCTTTGAGGGCGATCCT 3 0 3' arm Culex_quinquefasciatus mirbase mir-999 2e-45 aae-mir-999 1e-27 -43 ..((((.(((.((((((((((((((.((((..((((.(((((........)))))))))..)))).)))))))))))))).))).)))).. (-43.00)