mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCACTGGGCAAAGTGTGTCTCA GGACGCATTTTGTGCAGTTATG GATCTTGGGACGCATTTTGTGCAGTTATGCACCAAAAATATATCCATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCAGGATC 2 0 3' arm Drosophila_ananassae mirbase mir-3 3e-34 dpe-mir-3 0.000000003 -35.96 ((((((((((((((((((((.((((.(((...............))).)))).)))))))))))))))))))) (-35.96)