mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGTGGGAGCGTGGGGTAAGAA CTTCCCTATGCCTCCCATTCC ATCTAGAAACAGAGGAGGAGGAGAGGAAGATTGAAGCTAGGAAGTTTTGGGAGTGGGAGCGTGGGGTAAGAAGAGAAGAAAGCGTATAATTTTTCTTTTCTTTTTCAATTGAGAAAGAAAATTACAAATTCAATTTCTTCCCTATGCCTCCCATTCCTATGATTTCCTGCAGTTCCTTCCTCTCTTTATCATCTCTTCGTCGACT CCACGCGTCCGCACTTTCAAACGGCAGGCTTTTATTTTTTTTATTTTTTAATTATTAATCACTTTGCTTGCTTTTGCAAGCTGCAGCTTTGCTTACTTTTACCGGAGGGCATTTACAACACTTTCCTTGCATAGTTGTGTTGTGTGTGTTGTGAATCTAGAAACAGAGGAGGAGGAGAGGAAGATTGAAGCTAGGAAGTTTTGGGAGTGGGAGCGTGGGGTAAGAAGAGAAGAAAGCGTATAATTTTTCTTTTCTTTTTCAATTGAGAAAGAAAATTACAAATTCAATTTCTTCCCTATGCCTCCCATTCCTATGATTTCCTGCAGTTCCTTCCTCTCTTTATCATCTCTTCGTCGACTTTAGGAACCGTGCTTGATTTCTTCAGTTCAATTTCTGGTAAGGTATCTCTTCTTTCTATTTATATTTGTGGGGGGTAACGTCATCATTTTTCCTTCTATCGTTTTTCATATCAAGCTTCTTCTTTTTTTATTATTAATTAATCAATCTTGTTTGTTACAATTTGGCTATGGATCTCCCTTCGTGGGTGGGTTTTAACATCAGTCATGGCGGGGGAAATGTATGGAAAAGAACCGGGTCTCATGAGATATCCCTTGAAGGCGCGTAATTTTATAATTGGTTTATGGGAACAACATTCCCTTTTCTTTTTAAAAAATGGCAAACAAATTGGACTCTTTAATGGTTTGTAATTCCTTCCCCCCTTAATCCTTGGGACTTTTCCCGGAAAAAATTCCCAAAAGCGGTTTTCTACATTAAACCAGCTCCTTTCTTTGCACAACTTCTACTCTAACCAGCGTTCCACCGCTTCCTGCTAGCACCGCAATT 0 2 5' arm Citrus_aurantium mirnest 100 csi-MIR482a 3e-40 -74.2 .....((....((((((((((((((((((...(((((.((((((((.(((((((((((((((((((.((((((.(((......(((.........(((((((((((....))))))))))).)))...)))..))))))))))))).)))))))))))).))))))))))..)))))))))))))).....))))))).)).... (-74.2)