mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCACTGGGTAAAGTTTGTCCTA CGACAAACCTTGTTCGGTTTTG ATTATACGACAAACCTTGTTCGGTTTTGCCAATTTCCTAGCAGCACTGGGTAAAGTTTGTCCTATAAT 5 0 3' arm Drosophila_ananassae mirbase mir-3 7e-32 der-mir-309 6e-29 -23.3 ((((((.(((((((.(((..((((.((((..........)))).))))..))).))))))).)))))) (-23.30)