mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGCAGGTCTTCTTGGCTAGCC TAGCCAAGAATGACTTGCCTA ACACNTTACGCCACAGAACTTGCAGGCATGGCTGAAGGTTAAGAAGAAAAAGAGGAGGGCGGCCTCACATGGAGATGGAGAGCCCCTTTTGGTAGCCAAGAATGACTTGCCTATGCACGCCCTCTGTTGGCAGTTCCGTCCGGCAGCCATGGCGACGGTTGCACAAGGTGAGTTTTTGCGGCGTGGAGGATGCAATGCGGCTGCATCGGCAGGTCTTCTTGGCTAGCCAGAGGGCTCTCGTCCACCATGCCAGGCCTCCCTCTTCAAAATTTCCCTGATTTTTGCCCTCTGCACATGGAACTTGGTGATTAAACTTT AAACACACACACACAGACACNTTACGCCACAGAACTTGCAGGCATGGCTGAAGGTTAAGAAGAAAAAGAGGAGGGCGGCCTCACATGGAGATGGAGAGCCCCTTTTGGTAGCCAAGAATGACTTGCCTATGCACGCCCTCTGTTGGCAGTTCCGTCCGGCAGCCATGGCGACGGTTGCACAAGGTGAGTTTTTGCGGCGTGGAGGATGCAATGCGGCTGCATCGGCAGGTCTTCTTGGCTAGCCAGAGGGCTCTCGTCCACCATGCCAGGCCTCCCTCTTCAAAATTTCCCTGATTTTTGCCCTCTGCACATGGAACTTGGTGATTAAACTTTTGGATTTAGGCCGTNCTTTGGTGCTGAACTCCCCTGATTGAACACAGCATGTNGTAAATACTACTCACCTGNCTATGCAATCCTGAGNTGCATGCAGTTGCAGAACCAAGANATGTTACCGCTGCTGAAATCCTTAAAAAAA 0 2 3' arm Zea_mays mirnest MIR169_5 4e-93 zma-MIR169o 2e-69 -120.9 ........(((((.((..((((((((...(((.((((((((.((((.....((((((((.(((((..(((((.((((.(((((((..(((((((((((((((.((((((((.(((((.(((...(((((.((..(((.((((...(((.(((.(((...(((.....))).))).))).))).)))))))))))))).)))))))).)))))))))))))))))).))))))))))))))))..)))))..))))).))))))))....))))..))))))))))).))))))...))..))))))).......... (-120.9)