mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGTCATGCTGTAGTTTCATCT GTGAAGCTGCCAGCATGATCTG GGTAGTGGTGCACCACGAGTTGGTGAAGCTGCCAGCATGATCTGGTTCTGATGGTGGTATATGTATAAGATGAATGTAATCTATACTACCGGCCCCTGTCTCTCTCTCTCTCCCCGGTCCTTGACTGTCGTATATGGATCGACGAATCCAAGATGAGAGGGGGAGAGAGAGGGAGAGAGAGGGTAATTAATGAGCACCAGGACCAGGTCATGCTGTAGTTTCATCTGCTGGTGGCCGCACATCGA CTCTCTCTCTCTCTCTCTCGGATAGGTAGCTCTTCTTCTTCCTCCTTGGTCTGTTTGGAGACGGTAGTGGTGCACCACGAGTTGGTGAAGCTGCCAGCATGATCTGGTTCTGATGGTGGTATATGTATAAGATGAATGTAATCTATACTACCGGCCCCTGTCTCTCTCTCTCTCCCCGGTCCTTGACTGTCGTATATGGATCGACGAATCCAAGATGAGAGGGGGAGAGAGAGGGAGAGAGAGGGTAATTAATGAGCACCAGGACCAGGTCATGCTGTAGTTTCATCTGCTGGTGGCCGCACATCGAAAACCCTAGCTATTAGCTAGCTCAACCTCGTGCAATTCATGCAGTCGCCAGACCACCAGTCAAGCTAGCTTATTTCCGCCGTTGACGACGTTGATTAATTATTCGTGATAATATTGGCCTTGTCGATCTAGTTTCCTCTCTCTTTTTATTATGCCTTTGCTTCTCTCTTGTTTCGGTTGTGTATTGCTGTCTTGGTCATCACTGTGTGCCTACATACGATTTCACTGTGTGATCCTGCTCACGATAATGCAGATGGTGGGAAGCTGTGTATTATTGCCGGAAGTCTTCTTCTTTCCATGTCAAAAAAAAAACTAACTCGACAACTGTTTTGTAGCTTCAACTAAGTGTTGCAGGTAGAATATCGAAGATTACCTTCGGCGNGGATGGTTGNCATGCAACAACGAATACAAAAGCGCAAGCTTCGGAGTAACAGCATGTGCACGTNGAGGGTCCACAAGACAGCTATAGAAATTGACAGCATTATCCNTATATATTTGCTAGCTCAATGTATGTGGCGTCGAGTGACTATTGTATTTTTGACGAGAAGTGAACTCCGACTATATAATAGCTAATAGTA 1 1 3' arm Zea_mays mirnest MIR167_1 1e-24 zma-MIR167g 4e-27 -106.4 .......((((.((((.(((.(((((((((((.(((((((((((((((((.((((((((((..((((.......))))...))))))))))((((((.(((((((((((((((((((((...)))).((((...(((((......)))))..))))...))))))))))))))))).)).))))..((....))...)))))))))))))))))))))))))))).))).))))..))))..... (-106.4)