mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGCAAGATGTCGGAATAGCTG GCTATGCCTCATCTAGTCAAT CAAATAATGAATTTGGCAAGATGTCGGAATAGCTGAGAGCACAGCGGATCGAGCCTCTTATCGTCCGAAAAAATGTGAATATTTTTGAAAAGCGGCTATGCCTCATCTAGTCAATTGCATTACTTTG 3 1 5' arm Drosophila_erecta mirbase mir-31 9e-64 dse-mir-31b 1e-65 -37.21 (((((((((...(((((.(((((..((.(((((((....((((.((((.(((........)))))))......))))...............))))))).)).))))).)))))...))))).)))) (-37.21)