mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGCAGGTCTTCTTGGCTAGAC TAGCCAAGAATGACTTGCCTA TGCAGGCATGGATGAAGGTTAAAAAGAAAAAGAGGAGGGCGGCCTCACATGGAGATGGAGAGCCCCTTTTGGTAGCCAAGAATGACTTGCCTATGCACGCCCTCTGTTGGTAGTTCCGTCCGGCAGCCATGGCGACGGTTGCACAAGGTGAGTTTTTGCGGCGTGGAGGATGCAATGCGGCTGCATCGGCAGGTCTTCTTGGCTAGACAGAGGGCTCTCGTCCACCATGCCAGGCCTCCCTCTTCAAAATTTCCCTGATTTTTGCCCTCTGCACATG ACACACACACACACAGACACCAAACGCCACATAACTTGCAGGCATGGATGAAGGTTAAAAAGAAAAAGAGGAGGGCGGCCTCACATGGAGATGGAGAGCCCCTTTTGGTAGCCAAGAATGACTTGCCTATGCACGCCCTCTGTTGGTAGTTCCGTCCGGCAGCCATGGCGACGGTTGCACAAGGTGAGTTTTTGCGGCGTGGAGGATGCAATGCGGCTGCATCGGCAGGTCTTCTTGGCTAGACAGAGGGCTCTCGTCCACCATGCCAGGCCTCCCTCTTCAAAATTTCCCTGATTTTTGCCCTCTGCACATGGAACTTGGTGATTAAACTTTTGGATTTACGCCGTTCTTTGGTGCTGAACTCCCCTGATTGAACACAGCATGTTGTAAATACTACTCACCTGGCTATGCAATCCTGAGTTGCATGCAGTTGCAGAACCAAGAAATGTTACCGCTGTTGAAATCATTAAAAAAAATAGACAAATGCCTTTGCATGGCTACGGGTGTTTCAGCTTCTGCAGAGCACAGATGATCATCAGGTCTGTCCGGTCTGCAATTGCATGCACTTCTCGCCAGATGCAAGAAGCGGCCCTGCCATGCCAACAAGCACGGTCACAAGGAAGTCGTGTCTGCTCG 2 1 3' arm Zea_mays mirnest MIR169_5 2e-88 zma-MIR169o 3e-65 -109.1 ((((((...((.(((((((((....((((..((((((((.(((((..(((((.((((.(((((((..((((.((((((((((.((((((((.(((((.(((...(((((.....(((.((((...(((.(((.(((...(((.....))).))).))).))).)))))))..))))).)))))))).))))))))))))))))))..)))))))))))))))..)))))..))))).))))))))....))))..))))))))).)))))))).... (-109.1)