mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGCCAAGGATGACTTGCCGG GGCAAGTCTGTCCTTGGCTACA TGCCATGTGCTATGAGGTAGAGAACGGGATGCAGCCAAGGATGACTTGCCGGCTCCTGGAACCTGGAGGCGTCTCAGCTTGCTGCTGAGGCTTAGAACTCAGTCGGCAAGTCTGTCCTTGGCTACACCTAGTTCTCTTCCTCTCGTGTATGGCC TAAAGAATCCAATGTGCAGTGACCTCCATTATTCTAAATCCAACTTGTTGGTGCCTATAAATGCACACCATACCACAACCCACAGCAATGCACACTTGCAGACTCTCCTTCCACACAGAGAAGCAAAGAAACCACACCATAGGGGAAGGGACTAGGGAGAGGAGCTAGGGAGGGTGGCTTCTGCTGGGTTGCCATGTGCTATGAGGTAGAGAACGGGATGCAGCCAAGGATGACTTGCCGGCTCCTGGAACCTGGAGGCGTCTCAGCTTGCTGCTGAGGCTTAGAACTCAGTCGGCAAGTCTGTCCTTGGCTACACCTAGTTCTCTTCCTCTCGTGTATGGCCCTCAAGCACCGTCAAGAGATC 1 1 5' arm Zea_mays mirnest MIR169_2 2e-50 zma-MIR169c 1e-60 -72.9 .(((((((((...((((.((((((((((.((.((((((((((((((((((((((...........(((..((((((((.....))))))))......))))))))))))))).)))))))))).))))).))))))).))))..))))))))). (-72.9)