mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGATGACTTGCCTA GGCAGTCTCCTTGGCTAGC CCTGCCTCTGATAGCCAAGGATGACTTGCCTATGTCCTTTGTTTACAAAGGATCAAAATTGTGGACCTTTGTGTTGGTTCGTAGGCAGTCTCCTTGGCTAGCCTGAGTGG AGTAAAAAAGCTAGAATATATGCTGCTATCCAATTAAAAAATAAGATGTCCTGGAACAACAACAAAAAAAAGGAAAAAATGATACGGTTCTCTCTACGAAATACATGTATAAATAGATGTTCCATGGAAGGAGCACAACAGACCAGTCACAGAAGCTACCAAGCTAGCTAGAGGTGACAAGCAGAGCAAAAGCCTTACATGTCAATAAGGGCCTGCCTCTGATAGCCAAGGATGACTTGCCTATGTCCTTTGTTTACAAAGGATCAAAATTGTGGACCTTTGTGTTGGTTCGTAGGCAGTCTCCTTGGCTAGCCTGAGTGGCCCCTATTGCTCATGCTAGGCTCAATCGAAACTCTTTGACTTGCTGCACACAATTAAACACAGGAGCCTCCTCGACCTGTGCATGGGTGCATACAATTACCGGGGGATTGGTTGCCCAGCTCTCAACGCCTAGGCTCCTCACGAGTGTTGACTGCGCCTGCATTTCTGATTGGTTGGCTGCACGGCTGCCCCCGGAATGTGCGGGTGCAAACAAATTTATTTTACCCTCCTCGGCGGTTTTT 0 2 5' arm Zea_mays mirnest MIR169_2 1e-40 zma-MIR169h 2e-55 -46.5 ((...(((...((((((((((.((((.(((((((.((......((((((((.(((......))).))))))))..))..)))))))))))))))))))))....))).)) (-46.5)