mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGATGACTTGCCTG GGCAGTCTCCTTGGCTAGC CGAGATGAAAAGAGAGCGAGGCTTACATGGCGATGAGAGTGGTAGCTCTGGTAGCCAAGGATGACTTGCCTGTGTGCTGGCCACGCTCCCCTCATGCAAGGACCATCTCGTGTCGACCGACGAGCGAGCGAGCGATCGATCGATGAGAGGATGACGAAGCTTGGGGTGTACGTTGGTCTCTCACGGGCAGTCTCCTTGGCTAGCCCTGACTCACTCTTACCGCCCATGCTAGCCTCTGCATCTCTCGTGTTG CATTACGGCGGGATGCGTCCATGCGGCATAAATTACACTACGACGGTGAGAGGACGAAAGGAAGAAGACGTCGAGATGAAAAGAGAGCGAGGCTTACATGGCGATGAGAGTGGTAGCTCTGGTAGCCAAGGATGACTTGCCTGTGTGCTGGCCACGCTCCCCTCATGCAAGGACCATCTCGTGTCGACCGACGAGCGAGCGAGCGATCGATCGATGAGAGGATGACGAAGCTTGGGGTGTACGTTGGTCTCTCACGGGCAGTCTCCTTGGCTAGCCCTGACTCACTCTTACCGCCCATGCTAGCCTCTGCATCTCTCGTGTTGCTGTACAGATTACTGGTCAGTGACCTAGCTAGTATGCAAGACAATGCGCTTCGTCAGCATGTCACGAGCGATGCACGACATGCATGCATGGACGACGCCTACTATCTTTGATGAGGGCGTGGCTATTTATTCTTCCCCATGACGGTGAATCCAAGCCGAACGAGGACACGAGAGAAGGTCGGCGAGCGAGAAGAACTGTCCTGGATTGAGAGAAGAACTTACCATGAAGAACGTATATATATCC 0 2 5' arm Zea_mays mirnest MIR169_5 0.00000000007 zma-MIR169i 7e-106 -100 ...((((...(((((((((((((..(((((((.(((((((((....((.((((((((((((.((((.(((((((....(((((((..((((....((......(((((..((((((.(((...((......))..))).))))))...))))).....))..))))....)).)))))...))))))))))))))))))))).))..)).))))))))).)).)))))..)))))).)).)))))..)))). (-100)